Após a derrocada da capitania de Francisco Pereira Coutinho, d. João III decide enviar Tomé de Sousa para fundar uma cidade capital do poder lusitano no Brasil, mais especificamente na Bahia de Todos os Santos.
Quase meio século depois do descobrimento e algumas décadas depois das doações de algumas capitanias e da fundação de algumas vilas na costa brasileira, Portugal sente a ameaça dos franceses, principalmente normandos e bretões, que continuam a frequentar o litoral e comerciar com os índios.
A capitania da Bahia havia se tornado uma Capitania Real, uma vez que a Coroa a havia comprado de volta após a morte de seu antigo donatário, morto e comido num ritual de canibalismo em 1547.
Assim, por já serem terras em poder legal da Coroa, a escolha da Bahia se tornava mais óbvia do que outro lugar para a construção da cidade. Soma-se a isso o fato de a baía de Todos os Santos estar mais ou menos no meio da costa leste brasileira, como um “coração no meio do corpo, donde todas se socorressem, e fossem governadas” como disse o frei Vicente do Salvador em sua História do Brasil.
Havia também a presença já antiga de Diogo Caramuru, que vivia entre os tupinambás em muito boas relações e por eles bastante respeitado. Em 1548, Lisboa já havia enviado um mensageiro à Bahia, destinado a encontrar Diogo Caramuru e instruí-lo a receber e auxiliar Tomé de Sousa na missão de estabelecer a nova povoação baiana.
O governador Tomé de Sousa, um fidalgo bastardo, já servia ao rei há algumas décadas, tendo sido sua atuação no Marrocos a mais notável. Encaminhou-se à Bahia provido de um Regimento que dava ordens e forma ao estabelecimento de uma civilização cristã nas terras do Brasil.
Era antes de tudo uma expedição civil, composta de vários artífices e mestres dos mais diversos ofícios, cuja tarefa não era combater ou destruir, mas sim edificar e construir. Os planos de edificação já haviam sido inclusive desenhados previamente, à moda portuguesa, cabendo ao governados executar a obra seguindo os desígnios previamente estabelecidos, num local sadio, de bons ares e águas e com bom porto para se atracar os navios.
O padre Manoel da Nóbrega era um dos membros dessa expedição, que vinha ao Brasil como intuito de ensinar os índios a escrever e a ler, e principalmente a conhecer a palavra de Deus e assim poderem salvar as suas almas.
Vinham também muitos degredados, que eram como se chamavam aqueles que tinham sido condenados ao “exílio” no ultramar. Ainda que se pense que degredados eram sempre ladrões, assassinos ou contrabandistas, na verdade uma série de “delitos” de escândalo para a época podiam ensejar degredo, como por exemplo, ser vidente, no sentido de prever o futuro, ou ofensas de cunho sexual de pequena gravidade, como comportamentos lascivos etc.
E foi este povo, junto com Caramuru e seus aliados tupinambás quem iniciou a construção e a história da cidade do Salvador da Baía de Todos os Santos, no dia 29 de março de 1549. Com ideias portuguesas e com materiais do Brasil, iniciaram a primeira “versão” da cidade, usando barro em vez de alvenaria, usando palha para cobrir os telhados, usando amarrações de cipó em vez de pregos, fazendo como podiam levar a cabo a primeira grande obra de construção civil do país.